Alfa-helix

Alfa-helix („alfa-šroubovice“) je jeden ze dvou základních typů prostorového uspořádání bílkovin (konkrétně jejich sekundární struktury).^[1] Druhým je beta-skládaný list. Alfa-helix má tvar pravotočivé šroubovice, při pohledu shora tvoří šroubovici bílkovinná kostra, zatímco aminokyselinové zbytky směřují ven. Mezi jednotlivými patry šroubovice vznikají vodíkové můstky (konkrétně mezi C=O skupinou a N–H skupinou o čtyři aminokyseliny dále).^[1] Typickými aminokyselinami vyskytujícími se v alfa-helixu je zejména alanin, glutamát, leucin, lysin a methionin. Pokud se někde vyskytne prolin, zpravidla způsobí ohyb celé šroubovice.^[2]

Všechny donory vodíkových můstků jsou orientovány jedním směrem a akceptory směrem opačným, alfa-helix by tedy ve vakuu byl relativně silný elektrický dipól. Ve vodném rozpouštědle je ovšem většina náboje odstíněna a dipólový moment alfa-helixů zřejmě nepřispívá ke stabilizaci proteinové struktury. Výjimkou mohou být některé alfa-helixy, jejichž aspoň jeden konec je uvnitř proteinové struktury, například řada DNA vazebných proteinů.^[3]

↑ ^a ^b ROBERT C. KING; WILLIAM D. STANSFIELD; PAMELA K. MULLIGAN. A Dictionary of Genetics, Seventh Edition. [s.l.]: Oxford University Press, 2006.
↑ Chybná citace: Chyba v tagu <ref>; citaci označené harper není určen žádný text
↑ SENGUPTA, Durba, Behera, Raghu Nath; Smith, Jeremy C.; Ullmann, G. Matthias. The α Helix Dipole: Screened Out?. Structure. 2005, roč. 13, čís. 6, s. 849–855. DOI 10.1016/j.str.2005.03.010.

[dictionary-1] ROBERT C. KING; WILLIAM D. STANSFIELD; PAMELA K. MULLIGAN. A Dictionary of Genetics, Seventh Edition. [s.l.]: Oxford University Press, 2006.

[harper-2] Chybná citace: Chyba v tagu <ref>; citaci označené harper není určen žádný text

[3] SENGUPTA, Durba, Behera, Raghu Nath; Smith, Jeremy C.; Ullmann, G. Matthias. The α Helix Dipole: Screened Out?. Structure. 2005, roč. 13, čís. 6, s. 849–855. DOI 10.1016/j.str.2005.03.010.

[1]

[2]

[3]